Los recursos del FEES pueden ser utilizados en cualquier momento con el objetivo de complementar los ingresos fiscales necesarios para financiar el gasto público autorizado en caso de déficit fiscal. Además, pueden utilizarse para la amortización, regular o extraordinaria, de deuda pública y para financiar el aporte anual al FRP cuando así lo disponga el Ministro de Hacienda.

La Ley N° 21.419, que creó la Pensión Garantizada Universal, modificó en enero de 2022 la regla de retiro del FRP que se establece en la Ley de Responsabilidad Fiscal. De esta manera, a partir de 2022 el monto de los recursos del FRP que puede ser utilizado anualmente debe ser menor o igual a 0,1% del PIB del año anterior. 

Los retiros y aportes del FEES y del FRP se formalizan mediante decreto del Ministerio.